La sezione paleontologica del museo è dedicata ai fossili delle dolomiti, con una ricca collezione esposta nelle vetrine. Nella sala spicca il calco con le impronte di dinosauro del Pelmetto, in cui per la prima volta in Italia Vittorino Cazzetta, trovò impronte fossili riconducibili a dinosauri. Da questa scoperta, fatta nel 1980 e da altre due nel biennio successivo, parte la ricerca sui dinosauri italiani. Oltre al calco il museo conserva impronte fossili originali nelle vetrine. Uno spazio importante viene dedicato al ritrovamento di una costola di ittiosauro a Selva di Cadore, il rettile marino, vissuto circa 238 milioni di anni fa, la cui nuova interpretazione ci ha dato testimonianza di questi animali anche in quest’area delle Dolomiti.
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